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IISから仮想サイトのホームディレクトリ以下に新たにディレクトリを作成することができます。
スタート>インターネットインフォメーションサービス(IIS)マネージャーを起動
該当のWEBサイトを右クリック>エクスプローラ
右側の起動した新しい画面で右クリック>新規作成>フォルダ
「新しいフォルダ」が作成されるので任意の名前をつけます。
IISよりメインのWEBサイトへアクセスするユーザーにサブディレクトリへのアクセス権限を与えることで、FTPクライアントからファイルをアップロードすることができます。
Windows Sever 2003ではメインのWEBサイトで書き込み権限があるFTPユーザーにはサブディレクトリ作成時に書き込み権限が自動で割り振られるので、アクセス許可の設定の必要はありません。